Kırşehir ili asıl olarak Kızılırmak ve onun önemli kollarından biri olan Delice ırmağın havzaları üzerinde bulunmaktadır. Ayrıca il topraklarının küçük bir bölümü de kapalı havza durumundadır

KIZILIRMAK:İç Anadolu’nun kuzeydoğusunda Kızıldağ dan doğan Kızılırmak, Sivas, Kayseri, Nevşehir ve Kırşehir’i geçtikten sonra, kuzeybatıya döner ve Kırşehir kentinin 17 km. güneyinden geçerek akışını sürdürür.

Ülkenin akarsularında olduğu gibi Kızılırmak’ın da akış rejimi çok düzensizdir. Havzaya yaz mevsiminde yeterince yağış düşmez. Buharlaşmanın çokluğu yüzünden ırmağın suyu bu mevsimde azalır. Kış aylarında ise Kızılırmak havzasının orta ve yukarı kesimlerinde yağılar kar şeklinde olduğundan su düzeyinde önemli bir yükselme görülmez.

Kırşehir’e girmeden önce Gülşehir yöresinde ırmağın ortalama debisi 85.167 metre küp/saniye olarak saptanmıştır. Akarsu üzerinde yapılmış olan Hirfanlı ve kesik köprü barajları il sınırları içinde bulunmaktadır.

Kırşehir-Kılıçözü Deresi: Baran Dağının kuzey yamaçlarından kaynaklanan Kırşehir-Kılıçözü deresi önce kuzeye akar sonra güneye doğru genişçe bir yay çizerek Çoğun, Kırşehir ve Güzleri geçerek Kızılırmak’a katılır. Uzunluğu yaklaşık 80 km olan akarsu Coğun’a dek Araözü Deresi adıyla anılır. Çoğun ile Kızılırmak’a karıştığı taka yöresi arasında, batıdan İğdeli öz ve Salgösteren, doğudanda baş deresiyle Büyük Dereyi alır.

Kırşehir-Kılıçözü deresinin sularında geniş ölçüde sulamada yararlanılmaktadır. 1960’ların 2. yarısında devlet su işlerince yürütülen yoğun çalışmalarla akarsu üzerinde Çoğun Barajı ile İğdeliöz, Kılıçözü ve Güzler sulama regülatörleri yapılmıştır. Akarsuyun su rejimi düzensizdir. Kurak yaz aylarında suyu önemli ölçüde azalır. Kış ve bahar aylarında ise, sağanak yağışlardan sonra taşmaktadır.

23-24 Ocak 1966 tarihinde şiddetli yağmurlar ve eriyen karlarla kabaran akarsu taşmış, vadi tabanlarında tarım alanları sular altında kalmış, ayrıca Kırşehir kentinde 41 yapı ağır zarar görmüştür.

Delice ırmak: Kızılırmak’ın önemli bir kolu olan Delice ırmak Yozgat’taki plato ve dağların güney yamaçlarından 3 kol halinde başlar. Bu küçük kolların birleşmesiyle ırmağa dönüşen akarsu, Yerköy ilçesinden sonra, Yozgat-Kırşehir sınırını oluşturacak şekilde kuzeybatı yönünde akar. Gölcük bucağının batısında il toprakları dışına çıkan delice ırmak, Çorum il alanında kuzeye döner Kızılırmak’a karışır.

Uzun ve kurak geçen yaz aylarında şiddetli yağışlar ve eriyen karlarla kabarmaktadır. Delice ırmak’ın ortalama debisi Yerköy’de 27.233 metre 3 /saniye olarak ölçülmüştür.

Kaman-Kılıçözü deresi: Kaman ilçe alanından çok sayıda kol halinde baÅŸlayan Kaman-Kılıçözü deresi kırık fay hattı boyunca kuzey yönünde akar. UzunluÄŸu yaklaşık 150 km olan akarsu Karaova bucağının batısında ilin kuzey bölümünde yer alan daÄŸ ve platoların sularını toplayan Malaközü deresini alır. Ä°lin Ankara ile sınırını oluÅŸturacak ÅŸekilde akan Kaman-Kılıç özü deresi, Ocakbaşı Bucağında il sınırları dışına çıkar. Daha sonra doÄŸuya yönelerek. Ankara-Yozgat sınırında Delice ırmak’a karışır.

Kırşehir’de bu akarsuların dışında Seyfe Gölüne akan çok sayıda küçük derecik ile kuzeyde Delice ırmak’a güneyde Kızılırmak’a dökülen dere ve çaylar vardır. Yaz aylarında bu dere ve çayların büyük çoğunluğu kurur.

Seyfe Gölü Kapalı Havzası: Kızılırmak havzasından başka, ilde tarımsal açıdan önem taşıyan bir de kapalı havza bulunmaktadır.

İl alanının kuzey-güneybatı doğrultusunda ortadan bölen dağlar ile güneydoğu yönünde uzanan Kervansaray Dağlarının çizdiği üçgen içinde kalan Seyfe Gölü kapalı havzası 3. zamanda bir neojen gölü durumundaydı. Daha sonra tektonik hareketler sonucu sular çekilmiştir. Çevre dağlardan dar ve derin vadiler açarak inen akarsularla taşınan maddeler suların çekilmesiyle açığa çıkan neojen göl tortularının üzerine yığılmış ve kalın bir alüvyon toprak tabakası oluşmuştur. Seyfe gölü havzadaki bu neojen gölünün bir havzasıdır. Göl havzada, orta büyüklükte bir su yüzeyi oluşturmaktadır. Gölün çevresinde, ilin ova niteliği taşıyan en geniş tarım toprakları yayılmaktadır.