Selçuklu uçbeylerinden İshak Bey tarafindan kurulmuş olan Sultandağı (eski ismi Ishaklı), 1958 yılında ilçe olmustur. Selçuklulardan kalma Kervansaray ve Cami ve Hamam vardır. Anadolu Selçuklu Mimarisinin güzel örneklerinden olan Ishaklı Kervansarayı 1249 (Hicri 647) yılında Sahip Ata Fahrettin Ali tarafından yaptırılmış olduğu cümle (giriş) kapısındaki ve kapalı bölüm taç kapısındaki yazıtlardan anlasılmaktadır.
Sultandağı ismi Selçuklular zamanında Bizanslılar ile Selçuklular arasında yapılan savaş sonrası Selçuklu Sultan ordusu Sultandağı tarafına,Selçuklululara bağlı Emir Mencük ün Emirdağ tarafına çekilmesinden sonra Sultandağı, Emirdağ olarak iki ilçe adı doğmuştur.
1972 yılında ilçenin kuruluşuna 1958 yılında dahil edilen Çiftlik yeniden ayrılmış ve Yeşilçiftlik adıyla belde olarak yeniden ihdas edilmiştir.
Dereçine kasabasında bulunan Buzluk Mağarası da turistlerin oldukça ilgisini çekmektedir.